À la fin du XIXe siècle, des explorateurs allemands et des missionnaires catholiques arrivèrent dans la région. En 1890, le Rwanda et son voisin au sud, le Burundi, furent réunis sous le nom de Ruanda-Urundi au sein de l’Afrique orientale allemande. Les Allemands maintinrent le système de l’ubuhake sous l’autorité du mwami. Après la défaite allemande lors de la Première Guerre mondiale, le Rwanda passa sous mandat belge. Les Belges démantelèrent petit à petit le système de l’ubuhake tout en maintenant un mwami, choisi parmi les Tutsis.

En 1946, les Nations unies demandèrent à la Belgique de préparer la transition à l’indépendance. Les Tutsis, moins nombreux que les Hutus, craignaient une domination hutu après l’indépendance. Quand tous les hommes adultes obtinrent le droit de vote en 1956, de nombreux Hutus furent d’ailleurs élus aux conseils locaux. Les Belges encouragèrent les Hutus dans leur quête de pouvoir politique, ce qui accrut les tensions entre les deux groupes ethniques. 

En 1959, les Hutus attaquèrent les Tutsis et les chassèrent de leurs demeures. Des milliers de Tutsis furent tués et des milliers d’autres fuirent vers les pays voisins. Après deux ans de tourmente, des élections eurent lieu sous la supervision des Nations unies et la monarchie tutsi fut abolie. Le Rwanda devint un république gouvernée par un président et accéda en 1962 à l’indépendance. Les conflits entre Tutsis et Hutus se poursuivirent. Les Hutus dominaient le gouvernement et, à la fin des années 1960, un grand nombre de Tutsis qui occupaient des postes importants au sein du gouvernement, du système d’éducation et de l’Église en furent chassés. En 1973, le gouvernement fut renversé lors d’un coup d’État dirigé par Juvénal Habyarimana, qui devait rester au pouvoir pendant 21 ans. 

En 1990, le Front patriotique rwandais (FPR), composé majoritairement de réfugiés tutsis qui avaient fui en Ouganda, envahit le Rwanda. Pendant quatre ans, les combats continuèrent. En avril 1994, Juvénal Habyarimana et le président du Burundi, qui s’étaient réunis pour discuter des moyens de mettre fin au conflit, furent tués dans un écrasement d’avion. Les Hutus s’attaquèrent aux Tutsis, qu’ils tenaient responsables de l’écrasement. Plus d’un million de Tutsis et des Hutus modérés furent tués. Deux millions de Rwandais fuirent vers le Burundi, la Tanzanie, l’Ouganda et la République démocratique du Congo pour échapper à la violence.

En juillet 1994, le FPR défit l'armée gouvernementale du Rwanda et un cessez-le feu fut déclaré. Depuis, un gouvernement d’union multipartite gouverne le pays, mais les tensions ethniques n’ont pas disparu et des nombreuses escarmouches ont lieu, surtout dans le nord-ouest du pays.