Le Honduras se divise quatre régions physiques : les hauts plateaux de l’intérieur, formés de volcans éteints ; la côte mosquito, à l’est, qui est recouverte de forêt tropicale ; la côte nord, ou caraïbe, bordée d’une plaine côtière où l’on cultive banane et canne à sucre ; et les basses terres du golfe de Fonseca, une étroite bande de 24 kilomètres de large, formée de riches terres volcaniques provenant des montagnes. Deux îles formées par des cônes volcaniques hauts de 670 mètres, El Tigre et Zacate Grande, se dressent dans le golfe.

S’ajoutent à ces quatre régions les îles de la Baie, au large de la côte caraïbe. Ce sont des îles tropicales, dômes d’anciens volcans, entourées d’une barrière de corail. On y trouve une jungle dense, des cocotiers et des plages sablonneuses. Les plus grandes sont Roatán, Utila et Guanaja. Requins et baleines fréquentent leurs eaux.
 

Le climat hondurien varie selon les régions. Les plateaux sont tempérés : entre 15 et 20 °C toute l’année, et les régions côtières, plutôt humides. La saison des pluies dure de mai à octobre et la saison sèche, de novembre à avril.