Les premiers habitants de la Colombie sont venus d'Amérique du Nord et d'Amérique centrale. Si la plupart des peuples migrateurs poursuivirent plus loin vers le sud, certains, dont les Chibchas (ou Muiscas) et les Taironas, se sont fixés au nord du continent, dans les Andes et le long des côtes caraïbe et pacifique. Au iiie siècle de l'ère chrétienne, la civilisation chibcha florissait dans les Andes centrales. La religion de même que les structures politiques et sociales étaient très développées. Les Chibchas cultivaient la terre, extrayaient sel et émeraudes, et commerçaient avec les autres peuples.
La civilisation tairona s'est quant à elle développée sur la côte caraïbe durant le ve siècle. Les Taironas bâtirent de grandes villes. Ils utilisaient la pierre pour construire maisons, routes, chaussées et canaux. Les Conquistadors espagnols arrivèrent en Colombie en 1499. Ils pillèrent l'or et les émeraudes pour les rapporter en Espagne. Le premier établissement espagnol fut Santa Marta, sur le littoral caraïbe. La capitale du pays, Santa Fé de Bogotá, fut fondée en 1538. En 1550, le pouvoir militaire fut remplacé par une administration civile. Aux xvie et xviie siècles, les Espagnols firent venir d'Afrique des milliers d'esclaves pour travailler dans les mines et les plantations.	Le saviez vous? Simón Bolívar (El Libertador) conquit militairement un territoire de près de 5 millions de km2 sans avoir jamais reçu de formation militaire. Les spécialistes ne comprennent toujours pas comment il a pu gagner certaines batailles.
La domination espagnole et la pratique de l'esclavage engendrèrent des rébellions. Au début du xixe siècle, plusieurs villes déclarèrent leur indépendance. Le général vénézuélien Simón Bolívar, qui mena le combat contre l'Espagne, remporta à Boyacá une victoire décisive contre les Espagnols le 7 août 1819. Quelques mois plus tard, Bolívar devenait président de la Grande-Colombie, qui comprenait la Colombie, l'Équateur et le Venezuela d'aujourd'hui. En 1830, le Venezuela devint un pays à part et la fédération fut dissoute. L'esclavage fut aboli en 1849.
Deux factions politiques rivales émergèrent au xixe siècle, entraînant plusieurs guerres civiles. Des troubles éclatèrent de nouveau en 1948 ; 300 000 personnes trouvèrent la mort dans ce conflit qu'on nomma La Violencia. Malgré le retour de la paix civile dans les addées 1950, des guérillas hostiles au gouvernement central se formèrent dans les années 1960 et attaquèrent Bogotá en 1985. L'augmentation du trafic de la cocaïne et la lutte déclarée du gouvernement à l'égard des trafiquants aggrava la situation. En 1990, lors d'un référendum, les Colombiens donnèrent à une Assemblée constituante le pouvoir de restaurer l'ordre. Une nouvelle constitution fut proclamée en 1991, qui confirmait les droits de la personne, la tolérance ethnique et la protection de l'environnement. Les réformes sont toutefois difficiles à mettre en place en raison des troubles causés par le trafic de la drogue.